1989年，“福建省高校自然科学学报编辑质量评比一等奖”（福建省高校学报研究会），“全国高校自然科学学报编辑质量评比二等奖”（中国高等学校自然科学学报研究会）。
  1992年，“福建省首届优秀科技期刊评比三等奖”（福建省科委、福建省科协、福建省新闻出版局），“全国优秀科技期刊评比三等奖”（国家科委、中共中央宣传部、国家新闻出版署）。
  1995年，“福建省高等学校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖”（福建省教委办），“全国高等学校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖”（国家教委科技司）。
  1996年，“福建省第二届优秀科技期刊评比二等奖”(福建省科委，福建省新闻出版局) 。
  1999年，“福建省高校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖”（福建省教委），“全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比二等奖”（国家教育部）。
  2004年，“全国高校优秀科技期刊评比二等奖”（教育部科学技术司）。
  2006年，首届“中国高校优秀科技期刊奖”（教育部科学技术司），首届“福建省高校精品学报奖”（福建省教育厅）。
  2008年，第二届“中国高校优秀科技期刊奖”（教育部科学技术司）。
  2009年，“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”（中国高等学校自然科学学报研究会），“华东地区优秀期刊奖”（华东地区优秀期刊评审委员会）。
  2010年，第三届“中国高校优秀科技期刊奖”（教育部科学技术司）。
  2011年，全国高师院校自然科学“十佳学报”（中国高校科技期刊研究会）。
  2012年，第四届“中国高校优秀科技期刊”（教育部科学技术司）。
  2013年，“高校科学研究促进奖”（中国高校科技期刊研究会）。
  2014年，第五届“中国高校优秀科技期刊”（教育部科学技术司），2013年度 “中国科技论文在线优秀期刊二等奖”（教育部科技发展中心）。
  2016年，“中国高校优秀科技期刊”（中国高校科技期刊研究会），2015年度“中国科技论文在线优秀期刊二等奖”（教育部科技发展中心）。
  2017年，“华东地区优秀期刊奖”（华东地区优秀期刊评审委员会）。
  2018年，2018年度“中国高校优秀科技期刊”（中国高校科技期刊研究会）。
  2020年，2020年度“中国高校优秀科技期刊”（中国高校科技期刊研究会）。  
  2022年，2022年度“中国高校科技期刊建设示范案例库优秀科技期刊”（中国高校科技期刊研究会）。