基于BM方法的退化模式匹配算法A Boyer-Moore Approach to Degenerate Pattern Matching
林劼;林舒晔;
摘要(Abstract)：
退化模式匹配问题在生物信息学中具有重要应用意义,但由于该问题的计算复杂度高,现有的算法均难以在实际中应用.在分析退化模式的特点以及经典的Boyer-Moore(BM)算法的基础上,提出基于BM算法框架解决退化模式匹配问题的方法.在计算偏移数组的预处理过程中,定义兼容规则并计算偏移数组,并将其应用在查找阶段,提高退化模式的匹配速度.在平均情况下,该算法提供了线性的模式匹配速度,在实际应用中得到良好的效果.
关键词(KeyWords)： 模式匹配;退化模式;算法;DNA序列;生物信息
基金项目(Foundation): 福建省教育厅资助项目(JA08033)
作者(Authors): 林劼;林舒晔;
参考文献(References)：
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