福建师范大学学报(自然科学版)

2012, v.28;No.127(05) 26-32

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基于BM方法的退化模式匹配算法
A Boyer-Moore Approach to Degenerate Pattern Matching

林劼;林舒晔;

摘要(Abstract):

退化模式匹配问题在生物信息学中具有重要应用意义,但由于该问题的计算复杂度高,现有的算法均难以在实际中应用.在分析退化模式的特点以及经典的Boyer-Moore(BM)算法的基础上,提出基于BM算法框架解决退化模式匹配问题的方法.在计算偏移数组的预处理过程中,定义兼容规则并计算偏移数组,并将其应用在查找阶段,提高退化模式的匹配速度.在平均情况下,该算法提供了线性的模式匹配速度,在实际应用中得到良好的效果.

关键词(KeyWords): 模式匹配;退化模式;算法;DNA序列;生物信息

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 福建省教育厅资助项目(JA08033)

作者(Authors): 林劼;林舒晔;

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