1989年,“福建省高校自然科学学报编辑质量评比一等奖”(福建省高校学报研究会),“全国高校自然科学学报编辑质量评比二等奖”(中国高等学校自然科学学报研究会)。
  1992年,“福建省首届优秀科技期刊评比三等奖”(福建省科委、福建省科协、福建省新闻出版局),“全国优秀科技期刊评比三等奖”(国家科委、中共中央宣传部、国家新闻出版署)。
  1995年,“福建省高等学校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖”(福建省教委办),“全国高等学校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖”(国家教委科技司)。
  1996年,“福建省第二届优秀科技期刊评比二等奖”(福建省科委,福建省新闻出版局) 。
  1999年,“福建省高校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖”(福建省教委),“全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比二等奖”(国家教育部)。
  2004年,“全国高校优秀科技期刊评比二等奖”(教育部科学技术司)。
  2006年,首届“中国高校优秀科技期刊奖”(教育部科学技术司),首届“福建省高校精品学报奖”(福建省教育厅)。
  2008年,第二届“中国高校优秀科技期刊奖”(教育部科学技术司)。
  2009年,“全国高校科技期刊优秀编辑质量奖”(中国高等学校自然科学学报研究会),“华东地区优秀期刊奖”(华东地区优秀期刊评审委员会)。
  2010年,第三届“中国高校优秀科技期刊奖”(教育部科学技术司)。
  2011年,全国高师院校自然科学“十佳学报”(中国高校科技期刊研究会)。
  2012年,第四届“中国高校优秀科技期刊”(教育部科学技术司)。
  2013年,“高校科学研究促进奖”(中国高校科技期刊研究会)。
  2014年,第五届“中国高校优秀科技期刊”(教育部科学技术司),2013年度 “中国科技论文在线优秀期刊二等奖”(教育部科技发展中心)。
  2016年,“中国高校优秀科技期刊”(中国高校科技期刊研究会),2015年度“中国科技论文在线优秀期刊二等奖”(教育部科技发展中心)。
  2017年,“华东地区优秀期刊奖”(华东地区优秀期刊评审委员会)。
  2018年,2018年度“中国高校优秀科技期刊”(中国高校科技期刊研究会)。
  2020年,2020年度“中国高校优秀科技期刊”(中国高校科技期刊研究会)。